在玩家升级到四阶的御魂时，我们可以将不需要的御魂收集起来。御魂整理系统就是将需要的御魂按照顺序排列，使得不需要的御魂，无法进行收集。御魂整理系统不会对御魂数量有要求（不是绝对），因为不同御魂的收集需要的量是不同的，而且收集出来的御魂也要和其他御魂一起消耗。御魂整理系统需要御魂收集的数量，是根据玩家御魂的总量决定的。总量越高需要收集的御魂数量就越少（一般为3只，最多不超过6只）所以御魂整理系统的作用，相当于一个仓库的作用。
待整理御魂可以通过消耗一定数量的金钱进行整理，但整理御魂有一定的时间限制，最短在两小时内整理完毕。御魂整理可以提高御魂的属性，但是不能获得御魂碎片。御魂整理需要在御魂的背景图上显示御魂名称。御魂整理完毕，点击御魂图标，可以对御魂进行整理，整理后的御魂将会在背景图上显示。御魂整理成功后，御魂将会提升到更高的等级和品阶，品阶越高的御魂越厉害。御魂品阶提升的方向由御魂品阶上限决定，当御魂品阶升到最高级时，御魂的品阶上限将会升高。御魂升级御魂升级需要消耗一定的金钱，升级御魂需要在御魂背景图上显示御魂名称。
不同于传统的游戏，整理后的御魂不再是"无用"的御魂。御魂的使用也不再"一刀切"，需要经过精细的"分解、合成、重生"，然后再进行"强化"。整理后的御魂将会成为"特殊"御魂，可以通过点击"整理"按钮，将整理过的御魂放入特殊的御魂槽，或者使用回收机制进行处理。如果想要进一步提升御魂的效果，也可以考虑将整理后的御魂放入特殊的御魂槽里，并加入一定数量的御魂碎片。在御魂菜单中，整理和御魂强化是同一个功能，整理后的御魂将会变成一张御魂卡片。点击御魂卡片，即可进行分解、合成、重生。玩家需要通过消耗一定数量的精力，才能使用这个功能。
御魂系统主要的玩法是通过对御魂进行整理进而获得收益。而整体系统的一个重要特征就是对御魂进行拆解，整理出需要的御魂，而后再对新的御魂进行培养，最后把收益最大化。御魂整理系统功能强大，对于那些库存了大量御魂的玩家来说，可以好好的给御魂仓库来个扫除了。
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